Badania wykazały, że brak jest wpływu głębinowego odwadniania kopalni na stan wód  powierzchniowych, zwłaszcza w strefie obszarów przyrody chronionej. Eksploatacja nie stanowi więc bezpośredniego zagrożenia dla jezior pojezierza.

Pozostałe zagrożenia nie są przyczyną większych problemów ekologicznych. Wynika to ze szczególnej dbałości zakładu o środowisko, stosowanie zasady zrównoważonego rozwoju oraz wdrożenia i utrzymywania Zintegrowanego Systemu Zarządzania.

W przypadku kopalni „Bogdanka” oddziaływanie na hydrosferę wiąże się z drenażem wód wgłębnych w ilości niezbędnej do prawidłowego funkcjonowania kopalni. Średnia roczna ilość wypompowanych wód z odwodnienia kopani Lubelski Węgiel „Bogdanka” S.A. wynosi ok. 24 140 m3/dobę, mineralizacja łączna średnio ok. 1 700 mg/dm3, przy zawartości jonów Cl+ SO4 - ok.1000 mg/dm3. Zawartość jonów Cl+ SO4 kwalifikuje wody dołowe do II grupy – wód przemysłowych (wg podziału GIG) – podobnie jak w latach poprzednich.

Kopalnia kładzie duży nacisk na gospodarcze wykorzystywanie wód pochodzących z odwadniania górotworu, a w przypadkach uzasadnionych na ograniczenie drenażu jurajskich warstw wodonośnych. Część wody dołowej wykorzystywana jest na dole kopalni do celów technologicznych, do zasilania instalacji ppoż. i do instalacji klimatycznych oraz na powierzchni, głównie przez Zakład Przeróbki Mechanicznej Węgla, do uzupełnienia wody w obiegu zamkniętym w procesie wzbogacania węgla oraz przez spółkę „Łęczyńska Energetyka”.   Niewykorzystane wody kopalniane (ok. 16 721 m3/dobę), przed zrzutem do odbiornika -cieku Rów Żelazny, a następnie do rzeki Świnki, są poddawane podczyszczeniu w zbiorniku – osadniku wód, gdzie wytrąca się zawiesina.